Το τμήμα μαγνητικής τομογραφίας διαθέτει τον πιο σύγχρονο μαγνητικό τομογράφο (υπερσύγχρονο λογισμικό και μέγιστος αριθμός καναλιών), ο οποίος εξασφαλίζει εξαιρετικά υψηλής ανάλυσης απεικόνιση και μεγάλη διαγνωστική ακρίβεια, μειώνοντας τον χρόνο εξέτασης και επιτρέποντας μεγαλύτερη άνεση, χάρη στη μεγάλη του διάμετρο. Πρόκειται για μηχάνημα τεχνολογίας αιχμής (Magnetom Aera 1,5 Tesla της SIEMENS) με μεγάλο αριθμό καναλιών που καλύπτει όλες τις ανάγκες στη διαγνωστική μαγνητική τομογραφία ολοκλήρου του σώματος καθώς και τη διενέργεια ειδικών εξετάσεων, όπως μαγνητική αγγειογραφία, μαγνητική τομογραφία μαστών, πολυπαραμετρική μαγνητική τομογραφία προστάτη, φασματοσκοπία κλπ. Ο σχεδιασμός του μηχανήματος με το μικρό μήκος του μαγνητικού τομογράφου (το μικρότερο στην κατηγορία του), καθώς και η μεγάλη διάμετρος του (Wide Bore) σε συνδυασμό με τον ειδικό σχεδιασμό του χώρου, εξασφαλίζουν την ελάχιστη δυνατή αίσθηση «εγκλεισμού» των ασθενών που υποβάλλονται σε μαγνητική τομογραφία, ελαχιστοποιώντας την κλειστοφοβία που είναι ένας από τους σημαντικούς παράγοντες μη πραγματοποίησης της εξέτασης.
